Program pendidikan di pesantren biasanya didesain untuk memberikan pemahaman mendalam tentang ajaran Islam dan pendidikan karakter. Meskipun ada variasi dalam program pendidikan antara berbagai pesantren, umumnya terdapat beberapa komponen yang mencakup:

1. Studi Al-Quran dan Hadis: Ini adalah inti dari program pendidikan pesantren. Santri mempelajari Al-Quran dengan baik, mulai dari membaca hingga memahami maknanya. Mereka juga belajar tentang hadis (ucapan dan tindakan Nabi Muhammad) untuk memahami ajaran Islam dengan lebih baik.

2. Bahasa Arab: Bahasa Arab diajarkan untuk membantu santri memahami Al-Quran dan hadis dalam bahasa aslinya. Ini juga membantu mereka dalam komunikasi dengan masyarakat internasional Muslim.

3. Ilmu Fiqih: Fiqih adalah hukum Islam, dan santri mempelajari prinsip-prinsipnya untuk memahami cara menjalani kehidupan sehari-hari sesuai dengan prinsip-prinsip Islam.

4. Ilmu Tauhid: Ilmu ini mengajarkan konsep dasar tentang Tuhan dan akidah dalam Islam.

5. Studi Tafsir: Santri mempelajari tafsir Al-Quran, yang merupakan penafsiran ayat-ayat Al-Quran. Ini membantu mereka memahami konteks dan makna mendalam dari Al-Quran.

6. Ilmu-ilmu Umum: Beberapa pesantren juga menyediakan pelajaran tentang ilmu-ilmu umum seperti matematika, ilmu pengetahuan sosial, dan bahasa Indonesia. Meskipun fokus utama tetap pada ilmu agama, ini membantu santri untuk tetap terlibat dalam dunia modern.

7. Pendidikan Karakter: Pendidikan karakter dan moral sangat penting dalam pesantren. Santri diajarkan untuk menjalani hidup dengan nilai-nilai Islam seperti kejujuran, kerja keras, kesederhanaan, dan empati.

8. Kegiatan Keagamaan dan Sosial: Santri juga terlibat dalam kegiatan keagamaan seperti salat berjamaah, dzikir, dan shalat tarawih selama bulan Ramadan. Selain itu, mereka sering terlibat dalam kegiatan sosial seperti gotong royong dan pelayanan masyarakat.